Ấp chiến lược tổ chức theo hình thức "tự quản, tự phòng và tự phát triển" và là hậu thân của Khu trù mật phát động năm 1959. Quản lý ấp là một Ban trị sự, phòng thủ bảo vệ ấp là lực lượng Phòng vệ dân sự, phối hợp với các đơn vị Thanh niên, Thanh nữ Cộng hòa của ấp đó phụ trách.

Người đứng đầu kế hoạch Ấp chiến lược là Cố vấn Ngô Đình Nhu với Trung tá Phạm Ngọc Thảo chịu trách nhiệm.

Ấp được xây với hệ thống phòng thủ, thường có hai vòng rào. Vòng ngoài bằng dây kẽm gai, tre hoặc bụi gai. Vòng trong đắp đất, trên gắn kẽm gai. Giữa vòng ngoài và vòng trong là hào sâu khoảng hơn một mét cắm chông nhọn. Mỗi ấp đều có một hoặc nhiều chòi canh có tầm nhìn xa; các cổng ra vào được canh gác cẩn mật.

Ban ngày, người dân trong ấp được ra vào để làm ăn, tuy nhiên người lạ muốn vào ấp phải qua sự kiểm soát, khám người vô cùng chặt chẽ. Mọi trường hợp xâm nhập lén lút, bất hợp pháp từ bên ngoài vào đều bị phát hiện vì trong ấp có hệ thống báo động. Chung quanh ấp là một diện tích đồng trống để lính canh dễ theo dõi việc di chuyển phía ngoài.

Khu vực đầu tiên áp dụng Ấp chiến lược là khu đồn điền cao su Lai Khê, quận Bến Cát, tỉnh Bình Dương; tiếp theo là các tỉnh Phú Yên, Bình Định và Quảng Ngãi.[2]

Năm 1962 Chính phủ đề ra kế hoạch xây dựng 11.000 đến 12.000 ấp nhưng khi nền Đệ Nhất Cộng hòa sụp đổ vào cuối năm 1963 thì con số thực hiện được là 7.205 ấp.[5] Vùng hưởng ứng mạnh nhất trong việc xây dựng ấp Chiến lược là Cao nguyên Trung phần với nhiều bản người Thượng tự tổ chức lập ấp phòng thủ.[6]

Bổ túc cho Ấp chiến lược là lực lượng Dân vệ khoảng 60.000 vào thập niên 1960 [5] đảm nhiệm việc canh phòng và tuần tiễu.